El estado ecológico permite obtener una valoración global de la estructura y funcionalidad del río teniendo en cuenta factores hidromorfológicos y factores biológicos. Para su cálculo, se integran los índices de calidad biológica del agua y del bosque de ribera (QRISI), y se toma en consideración el valor del Índice del Hábitat Fluvial (IHF), resultando el estado de salud de cada tramo.